Después de 6 años del atentado del que saldría indemne, consiguió detener a Secundino y llevarlo a Madrid, donde a pesar de su declarada inocencia, pasó diez meses en la cárcel modelo. Este centro penitenciario, fue el mayor de Madrid hasta su demolición en 1939, para pasar a convertirse en el actual cuartel general del Ejército del Aire. Estaba destinado a presos comunes, pero también a presos políticos, como ocurrió a finales de la monarquía de Alfonso XIII, en que fueron internados los miembros del comité revolucionario de la II República, y escenario, durante la posterior guerra civil de numerosos fusilamientos. En la época que estuvo preso Secundino Delgado, estaba dirigida por José Millán Astray, padre del fundador de la Legión, que fue implicado en 1888 -aunque saliera absuelto- en el famoso asesinato (el primero en España de amplio eco mediático) de la calle Fuencarral de Madrid. En cárcel, Secundino, recibió el apoyo de Fermín Salvochea, reconocido anarquista y federalista, que llegó a ser alcalde de su ciudad natal, Cádiz, durante la primera república. Él consiguió que le visitara el ilustre paisano Nicolás Estévanez, que junto a otros, consiguió presionar para su liberación. También fue fundamental el que Secundino poseyera la nacionalidad cubana y favorecerle el Tratado de París (firmado el 10 de diciembre de 1898, España liberaría a los presos por delitos políticos, y entregaría a Estados Unidos, a cambio de 20 millones de dólares, Puerto Rico, Guam y Filipinas, dejando abierta su intervención en Cuba). Años después, se sabría, que quien realmente puso la bomba bajo el despacho de Weyler en Cuba, fue el periodista Armando André Alvarado, comandante del ejército libertador, que sería asesinado en 1925 por sicarios del dictador Gerardo Machado, cuando desempeñaba su cargo de director del periódico El Día de la Habana, donde era continuamente criticado.
Tras ser liberado sin cargos, Secundino macharía a México, donde publicaría con el seudónimo de Antonio Rodríguez López, su autobiografía "Vacaguaré". Regresaría a Canarias en 1910, donde, enfermo de la tisis contraída en la cárcel fallecería el 4 de mayo de 1912.
"Es verdad que todo conspira contra nosotros, desde la influencia de la nación que guarda las llaves de nuestros grillos, hasta la obcecación de hermanos nuestros, ya envilecidos por la sumisión y las cadenas; mas, cuanto mayores sean los obstáculos, más grande ha de ser la abnegación por dominarlos. ¿Qué importan los sacrificios si algún día llega a alumbrar nuestra Patria el Sol de la Libertad?" Secundino Delgado.